•انجام تحقیقات اکولوژیکی به منظور تهیه و تدوین اصول و ضوابط مربوط و بهره برداری پایدار از مناطق تحت حفاظت سازمان و سایر زیستگاههایی که دارای ویژگیهای منحصر به فرد اکولوژیکی (اعم از خشکی و آبی) هستند.
•انجام ارزیابی پیامدهای زیست محیطی هرگونه بهره برداری ممکن از منابع مناطق تحت حفاظت.
•تعیین ضوابط بهره برداری پایدار از اکوسیستم های طبیعی در مواردی از قبیل چرای دام،  بهره برداری از شن و ماسه، معادن و ...
•بررسی تحقیق جهت ضوابط و الگوهایی به منظور انتخاب، تجدید نظر مناطق تحت کنترل سازمان و انتخاب مناطق طبیعی و زیستگاههایی که دارای ویژگیهای منحصر به فرد اکولوژیک هستند بمنظور تکمیل شبکه مناطق تحت حفاظت سازمان.
•تهیه طرح مدیریت (طرح جامع) برای مناطق تحت حفاظت سازمان و تالابهای مهم با همکاری سایر واحدهای ذیربط سازمان و استفاده از خدمات مراکز علمی و تخصصی بمنظور تحقق استفاده های چند جانبه آموزشی، پژوهشی، تفرجی، توریسم.
•اعمال نظارت تخصصی بر هرگونه فعالیت در مناطق تحت حفاظت سازمان به منظور ارائه رهنمودهای لازم به واحدهای تابعه.
•جمع اوری و تکمیل اطلاعات علمی و تخصصی مناطق تحت حفاظت سازمان و اکوسیستمهای طبیعی کشور با مشارکت فعال واحدهای تابعه و همکاری دانشگاهها و مؤسسات پژوهشی به منظور تهیه اطلاعات پایه و نظارت پیوسته بر آنها.
•بررسی و تعیین گونه ها و جوامع گیاهی اندمیک و در خطر تهدید بمنظور حفاظت از رویشگاهها و کانونهای تنوع زیستی گیاهی کشور.
•اعمال نظارت تخصصی بر واحدهای اجرائی سازمان و ارائه رهنمودهای لازم در حفظ و حمایت از مناطق تحت حفاظت .
•همکاری با مراکز تحقیقاتی و علمی ملی، منطقه ای و بین المللی در زمینه های مربوطه.
•تهیه تنظیم نقشه های جغرافیایی تحت حفاظت سازمان، گویا کردن عکسهای هوایی و نقشه ها و تجزیه و تحلیل مناطق براساس روشهای  نوین (GIS ) با مشارکت فعال واحدهای تابعه .
•شرکت فعال در کنوانسیونها و کنگره های ذیربط در امور مناطق و زیستگاهها.
•انجام فعالیتهای تحقیقاتی و طرحهای مشترک با دفاتر امور حیات وحش و دریایی درخصوص تعیین ارزشها و کانونهای تنوع زیستی و مدیریت ویژه زیستگاههای حساس.
•طرح ریزی و مدیریت خاص ذخیره گاههای زیستکره کشور با همکاری سازمانهای تخصصی ملی و بین المللی ذیربط.